Keskeiset Freenetin toimintaa koskevat
päätökset teki pitkään johtoryhmä.
Alkuvaiheessa siihen kuuluivat TKK:n lisäksi myös muiden
rahoittajien – opetusministeriön ja Sitran –
edustajat. Kun pysyvä rahoitus vuoden 1996 jälkeen
loppui, entisten rahoittajien mielenkiintokin
hiipui.
Freenetin toimintaa tukemaan ja
sähköisten palvelujen käyttäjäkuntaa
edustamaan perustettiin vuonna 1994 Suomen Freenetin tuki ry, jonka
ensimmäinen puheenjohtaja oli opettaja Reija
Kujala Valkealan koulusta. Yhdistys toimii
aatteellisen yhdistyksen tavoin ja on avoin kaikille, jotka ovat
kiinnostuneita suomalaisten oppimisympäristöjen
kehittämisestä.